Kronologija
Smatralo se kako je crkva sv. Marka stradala prilikom haranja Mongola, (I. K. Tkalčić, J. Barlč), no novija istraživanja potvrđuju da tada još Gradec nije ni postojao. (I. Kampuš)
1256. gradska općina Gradec dobila je pravo održavanja Markovog godišnjeg sajma, pa iz toga proizlazi da je već tada postojala crkva. Crkva sv. Marka smještena je nasred trga s kojeg se pravilno odvajaju ulice, pa se po tome vidi da je grad zasnovan po planu — odjednom. (A. Horvat).
1261. kraljica Marija određuje, uz pristanak biskupa Filipa, da patronat nad crkvom ima grad, a ne biskup.
1334. spominje se „Item ecclesia sancti Marci in castro Grecensi“, tj. u utvrđenome naselju Gradec.
1359. spominje se orguljaš crkve sv. Marka, po čemu se vidi da je crkva sv. Marka imala orgulje, što je dolikovalo kraljevskom gradu (L. Šaban). To je prvi spomen orgulja u našoj zemlji.
1423. za vrijeme župnika Blaža, crkva dobiva današnji oblik.
1472. spominje se na sjeverozapadnom uglu crkve kapela.
1499. je porušena i podignuta nova, zagovornicima protiv kuge sv. Fabijanu i Sebastljanu. Na njoj bijaše najstariji sačuvani kameni grb Grada iz 1409.
1502. potres je srušio zvonik smješten uz sakristiju.
1588. na novi zvonik bio je postavljen sat.
1645. crkva je teško stradala u požaru, kao i 1674. i 1707., zajedno sa zvonima.
1673. nizom popravaka crkva mijenja postupno svoj izgled u 17. i u 18. stoljeću, kad se u crkvi nalazilo 8 oltara. Oltari su uklonjeni 1880. Pred oltarom Sv. Križa prisizali su gradski suci sa zastupstvom i hrvatski banovi da će točno obdržavati zakone. U niši kraj tog oltara čuvale su se povelje Gradeca. Uspomene na patrone nekih oltara čuvaju slike na prozorima (Marko, Luka, Ivan Krstitelj, Pavao, Josip i Marija). Neki kipovi izbačenih oltara, među kojima ima djela domaćih majstora radionice zagrebačkoga biskupa J. Branjuga, našli su utočište u muzejima.
1740. nabavio je zagrebački kanonik J. Rees orgulje s 22 registra, što znači da su, uz orgulje zagrebačke katedrale, bile najveće u zemlji. Iste godine, gradski senator Ivan Hyacintha ispred crkve podiže pili Bezgrešne Marije s pozlaćenim likom na visokom stupu i kamenim kipovima sv. Josipa, sv. Ivana Nepomuka, sv. Ivana ev. i sv. Ivane Krstitelja u podnožju. To djelo Claudia Kentza bilo je na trgu do 1869.
1771. javlja se ideja o rušenju crkve jer je pretijesna te se predlaže da župnom crkvom bude crkva sv. Katarine. Od rušenja crkvu je spasio Josip II., rekavši da je to solidno građen spomenik koji se mora sačuvati.
1805. gradski zastupnici opet imaju nakanu rušiti crkvu, ali tome se odupiru biskup Maksimilijan Vrhovac i učeni župnik dr. J Karvančić.
1848. opet neki predlažu rušenje crkve, no drugi su zastupali mišljenje da se ona temeljito popravi.
1888. porušen je pil Bogorodice, da pred crkvom bude postavljen vodoskok prilikom dolaska kralja Franje Josipa. Preostalo kameno podnožje netočno se tumači kao ostatak prijestolja, na kojem je mučen Matija Gubec.
1878. do 1882. traje radikalna obnova crkve i kada dobiva neogotičko obilježje po nacrtima arh. F. Schmidta iz Beča i izvoditelja arhiteksta H. Bollea. U toku obnove 1880. potres je znatno oštetio crkvu. Prilikom te restauracije učinjeno je ovo: srušena je kapela sv. Fabijana i Sebastijana, znatno je snižen pod u crkvi, zatrpane su grobnice pod crkvom, srušen renesansni zapadni portal, uklonjen sav inventar s baroknim oltarima, otučene su gotičke freske (koje je Kršnjavi želio sačuvati, ali nije uspio), sagrađeno pjevelište, a po nacrtu H. Bollea postavljena su tri oltara od viničkog kamena. Od te neogotičke faze ostalo je na crkvi ovo: zapadni portal, zabat, koji nadvisuje crkveni krov nad južnim portalom (koji je srećom ostao pošteđen, kao i zvonik, zbog nedostatka novaca); ostali su neogotički prozori koje zatvaraju oslikana stakla po nacrtu F. Schmidta, a iz tog je doba i krov sa pocakljenim crijepom.
Od 1922. počinje se razmišljati o temeljitoj obnovi u kojoj sudjeluju župnik Svetozar Rittig, konzervator Đ. Szabo, B. Bauer, ing. Šefček, slikar J. Kljaković i kipar I. Meštrović.
Do 1937. učinjeno je: ukolonjena je vlaga, postavljena je betonska deka, svodovi pozlaćeni, povećano je pjevalište, uspostavljena je kapela Sv. Fabijana i Sebastijana, (12×6 m) koja je također oslikana. U nju, kao i u crkvu, unesena su kamena i brončana djela Ivana Meštrovića. Tom restitucijom, kojom je dobrim dijelom uklonjen neogotički sloj i postignuta asanacija građevine, naglašena je konstruktivna ljepota te gotičke crkve. Arhitekst E. Šen tu je obnovu ubrojio među najuspjelije tadašnjih godina u Europi. J. Kljakoviću, kao i odboru, čestitao je na
tom zahvatu rektor rimske „Academie di belle arti“ arhitekt Piacentini.
1970. – … ponovna obnova crkve i konstruktivno učvršćenje, obnovljeni su i kameni okviri prozora i njihovi stakleni dijelovi. Popravak je vršen zalaganjem župnika M. Dudaša i Komisije za vjerska pitanja grada Zagreba (prof. Ivo Delale). Materijalna sredstva su osigurana od skupštine grada Zagreba, Fonda za unapređenje kulturnih djelatnosti SR Hrvatske i dobrovoljnih priloga župljana. Na obnovi, bolje reći, održavanju i uljepšavanju crkve radi se stalno. Odmah nakon II. svjetskog rata počela su istraživanja na južnom portalu, popravlja se zvonik i ostalo što je potrebno. U Domovinskom su ratu raketirani Banski dvori prilikom čega je oštećena i crkva. Zvonik je obnovljen 1994. Današnji izgled crkva je dobila u posljednjih 20 godina kada je župnik bio mons. Franjo Prstec. Crkva je dobila nove električne instalacije, postavljeno je 6 novih lustera, 20 klupa, strop crkve pozlaćen je s 22 karatnim zlatnim listićima, obnovljene su freske, uređeno svetište, izgrađene i postavljene nove orgulje veličine 41 registar…
22. ožujka 2020. župna crkva sv. Marka ev. teško je stradala u potresu (oštećeni su svodovi i gotička rebra, na nekim dijelovima odvojio se strop od zida, pao je zaglavni kamen na južnom portalu); toranj i svetište ostali su gotovo neoštećeni, kao i zidne slike; kapela sv. Fabijana i Sebastijana pretrpjela je manja oštećenja.
od 12. listopada 2020. na Trgu svetoga Marka ograničen je pristup i kretanje zbog sigurnosnih razloga državnih institucija.
22. ožujka 2020. – 4. listopada 2022. zbog oštećenja župne crkve sv. Marka sva bogoslužna slavlja slavila su se u kapeli sv. Fabijana i Sebastijana.
4. listopada 2022. zbog obnove župne crkve sv. Marka, blagoslovljena je kapela na Kamenitim vratima (Kamenita 2a) i u toj kapeli odvijala su se sva bogoslužna slavlja.
3. prosinca 2023. nakon završene konstruktivne i cjelovite obnove, na prvu nedjelju došašća, u župnoj crkvi slavljena je prva misa. Misu je predslavio i crkvu blagoslovio mons. Mijo Gorski, pomoćni biskup zagrebački, uz koncelebraciju Vladimira Magića, župnika i rektora Akademske crkve sv. Katarine i Tomislava Hačka, pastoralnog pomoćnika. Pjevanje na misi animirao je zbor “Cantores sancti Marci”, a na misi su, uz velik broj vjernika sudjelovali i predstavnici Vlade Republike Hrvatske.